Sa femme, Aura Estrada, est morte tragiquement à l'âge de 30 ans en 2007. C'est en son honneur qu'il a créé et dirige le Aura Estrada Prize remis tous les deux ans à une femme de moins de 35 ans qui écrit en espagnol et vit aux États-Unis ou au Mexique. Francisco Goldman partage son temps entre Brooklyn, New York et Mexico.